Hernán Peñuela est diplômé d’architecture de l'Université de Los Andes à Bogotá et de scénographie pour le théâtre et le cinéma de la Tisch School of the Arts de l'Université de New York. Il vit en France depuis 2005 et travaille actuellement à l'Opéra-Comique comme adjoint à la direction technique depuis 2022. Il a récemment conçu la scénographie de la pièce Bérénice de Racine pour l'Opéra-Théâtre de Metz (2023).
Il a également conçu les décors des opéras Le Viol de Lucrèce de Britten (2023), Platée de Rameau (2022), et Elektra de R. Strauss (2021) pour l'Opéra National de Toulouse - Théâtre du Capitole, où il a aussi dirigé l'atelier de construction de décors (de 2017 à 2022).
Il a été assistant d'Eric Ruf (administrateur général de la Comédie Française) pour la scénographie de La Didone de Cavalli, mise en scène par Clément Hervieu-Léger (2011). À Paris, il a travaillé comme responsable du bureau d'études de l'atelier de décors du Théâtre du Châtelet (2010 à 2017) et de la Comédie Française (2008 à 2010). Entre 2006 et 2008, il a été chef de projet chez Clé-Millet Architectes pour la rénovation du Théâtre Mogador à Paris, qui a dû être adapté pour l'arrivée de la première version officielle en français de la comédie musicale de Disney Le Roi Lion.
En Colombie, il a été scénographe des versions officielles de plusieurs comédies musicales telles que Grease (2005), La Novicia Rebelde (2015), Annie (2017) et Mamma Mia (2023). Il a également conçu les décors de plusieurs comédies musicales originales pour Misi Producciones à Bogotá : Fuego, Son las Doce es Navidad, Gaitán, Lo Mejor de Michael Jackson, Simplemente Navidad et El Compositor de Sueños.
À Medellín, il a conçu les décors pour El Principito, El Musical, nominé aux India Catalina Awards dans la catégorie « Meilleure production audiovisuelle » et En Busca del Árbol de Navidad pour Onestage Producciones.